С 2011 года ПФ РФ и ФСС РФ осуществляют совместные проверки плательщиков страховых взносов на основании соглашения о взаимодействии от 28 октября 2009 г. №  АД-30−35/10сог, № 02−43/07−2205П.
В методических рекомендациях перечислены организации, которые попадают под контроль ПФ РФ и ФСС РФ:
- крупнейшие компании (с  наибольшей облагаемой базой, наибольшим количеством застрахованных лиц или наибольшей среднесписочной численностью работников);
- организации с низкими зарплатами;
- организации оптовой и розничной торговли;
- организации осуществляющие операции с недвижимостью;
- строительные организации;
- организации, на которые поступили жалобы от их сотрудников в ПФ РФ, ФНС России;
- организации снизившие зарплаты;
- организации имеющие задолженность по страховым взносам за два и более отчетных периода;
- организации не сдавшие персонифицированный учет и отчетность по страховым взносам более чем за один отчетный период и не отвечающие на запросы ПФР;
- организации часто меняющие юридический адрес (возможно участники налоговых схем);
- организации получившие льготы по уплате страховых (IT-компании, инновационные фирмы при вузах, СМИ, плательщики УСН, сельхозпроизводителей и общественные организации инвалидов);
- ликвидируемые организации.